Khoa Vi rút - Ký sinh trùng được hình thành từ 01 tháng 01 năm 1997, với tên gọi cũ là Khoa “Lây 10” thuộc Viện Y học Lâm sàng các Bệnh nhiệt đới. Từ tháng 6/2006, Khoa có tên gọi Khoa Vi rút - Ký sinh trùng thuộc Viện Các bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia (nay là Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương). Trải qua 10 năm hoạt động, Khoa đã từng bước phát triển lớn mạnh về mọi mặt xứng đáng là chuyên khoa đầu ngành trong cả nước về chẩn đoán điều trị các bệnh do vi rút, các bệnh do ký sinh trùng và đặc biệt là HIV/AIDS.

• Hiện tại Khoa được bố trí làm việc tại tầng 5 cơ sở 78 Giải Phóng và tầng 6 cơ sở Kim Chung, Đông Anh, Hà Nội. 
• Điện thoại: 0462782032; E-mail: khoaviruskysinhtrungbvbndtw@gmail.com.
• Trưởng Khoa: Ths BS Nguyễn Duy Hưng
• Phó Trưởng khoa: Ths. BS Nguyễn Thanh Bình
• 
• Khoa Vi rút – Ký sinh trùng được giao thực hiện chức năng thăm khám, chẩn đoán, theo dõi, điều trị, bệnh nhân mắc các bệnh do vi rút, ký sinh trùng và HIV/AIDS. Tham gia đào tạo và phát triển nguồn nhân lực y tế ở các trình độ và các loại hình đào tạo về lĩnh vực các bệnh truyền nhiễm, nhiệt đới. Tham gia công tác chỉ đạo tuyến, nghiên cứu khoa học và hợp tác quốc tế. Thực hiện các nhiệm vu: Thu nhận, thăm khám, chẩn đoán, điều trị và theo dõi bệnh nhân bị các bệnh do vi rút, ký sinh trùng và HIV/AIDS; Quản lý, điều trị và theo dõi điều trị ngoại trú cho bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS, chẩn đoán sớm và dự phòng các nhiễm trùng cơ hội; Là cơ sở đào tạo chuyên sâu các bệnh vi rút, ký sinh trùng và HIV/AIDS cho các học viên đại học, sau đại học, đào tạo học viên điều dưỡng đại học, cao đẳng, trung cấp các trường trong thành phố Hà Nội, là cơ sở thực hành tay nghề cho các bác sĩ tuyến cơ sở về bệnh vi rút, ký sinh trùng; Tham gia các đề tài Nghiên cứu khoa học cấp quốc gia, cấp bộ và cơ sở, hợp tác thực hiện các nghiên cứu quốc tế đặc biệt về nhiễm HIV; Giám sát hỗ trợ kỹ thuật, đào tạo tại chỗ, đào tạo từ xa cho các cơ sở chăm sóc, điều trị nhiễm HIV; Hợp tác với các tổ chức Quốc tế trong công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học.
• Trong 10 năm qua, tập thể cán bộ, nhân viên khoa đã đoàn kết, phấn đấu hoàn thành tốt mọi nhiệm vụ được giao với phương châm “Chẩn đoán nhanh, điều trị đúng”, “Lấy bệnh nhân làm trung tâm” tăng hiệu quả điều trị và làm giảm số ngày điều trị trung bình hàng năm.
• Khoa đã tích cực tham gia cùng Bệnh viện trong các đợt phòng, chống nhiều bệnh dịch nguy hiểm như: Dịch tiêu chảy cấp năm 2007; Dịch cúm, dengue xuất huyết, Sốt phát  ban dạng sởi năm 2009 (năm dịch trồng lên dịch); Dịch sốt phát ban dạng sởi năm 2014; Dịch bệnh Dengue xuất huyết năm 2015 với diễn biến phức tạp, số ca bệnh tăng bột phát tới 1.977 ca bệnh.
• Các đề tài nghiên cứu khoa học đã được nghiệm thu: “Nhận xét tình hình nhiễm trùng cơ hội trên bệnh nhân HIV/AIDS tại Khoa Vi rút – Ký sinh trùng năm 2010” (2011); “TCD4 và mối liên quan với nhiễm trùng cơ hội trên bệnh nhân HIV/AIDS điều trị nội trú tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương” (2012); “Đặc điểm lâm sàng, xét nghiệm và biến chứng ở bệnh nhân sởi người lớn điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương trong vụ dịch sởi 2014” (2015).
• Với những thành tích đạt được, Khoa đã được nhận nhiều hình thức khen thưởng: Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ, Bằng khen của Bộ Y Tế, Công đoàn ngành Y tế...
• Trong thời gian tới khoa tiếp tục phát huy những kết quả đã đạt được, giữ vững vị trí là tuyến cuối trong chẩn đoán, điều trị, bệnh nhân bị mắc các bệnh do vi rút, ký sinh trùng và HIV/AIDS nói riêng, cũng như các bệnh dịch truyền nhiễm nói chung./.