Ông vào Đảng năm 19 tuổi (1/4/1950) và nay đã 59 tuổi Đảng. Ông là sinh viên Y khoa khóa 1952, đã tích cực tham gia phục vụ bộ đội và nhân dân trong kháng chiến và những ngày hòa bình lập lại. Ông trở lại Trường đại học Y khoa hoàn thành tốt nghiệp bác sĩ năm 1956 chuyên khoa tim mạch đạt loại ưu, điểm 9 cho cả luận án lẫn thi lâm sàng. GS. Đặng Văn Chung nói thân mật: "Bớt đi 1 điểm cho khỏi kiêu căng, vì kiêu căng tự phụ thì chẳng làm được gì nhiều, khi chọn ngành y".

Trong các khóa đào tạo sau đại học, Ông luôn được điểm 10 với lời khen ngợi của Hội đồng giám khảo như: khi thi 4 chứng chỉ để làm phó tiến sĩ ở Rumanie hay khi thi tốt nghiệp lớp miễn dịch học tại Lausane Thụy Sĩ của Tổ chức Y tế Thế giới, ông đạt 297 điểm trên tổng 300 điểm. Ông Chủ tịch của Hội đồng nói: "Bớt 3 điểm để nhớ y học vô cùng rộng lớn không bao giờ biết hết".

Được đào tạo sau Đại học ở Rumanie, Hà Lan, Thụy Sĩ, ông được được cử làm chủ nhiệm khoa bệnh nhiễm trùng của Bệnh viện Hữu nghị Việt Xô 18 năm (1966-1984). Năm 1981 ông được đề bạt lên làm Phó giám đốc và năm 1982 làm giám đốc. Ông là người đầu tiên thực hiện kỹ thuật soi ổ bụng và sinh thiết gan cũng như soi ruột già ống mềm tại bệnh viện phục vụ việc chữa bệnh cho cán bộ trung cao cấp và lão thành cách mạng. Ông luôn kiên trì tự nâng cao năng lực, nghề nghiệp, và tích cực tham gia giảng dạy, làm nghiên cứu khoa học về các triệu chứng báo hiệu ung thư gan và ung thư phổi và các kết quả điều trị được GS. Đặng Văn Chung đánh giá cao.

GS. Phạm Song Chủ tịch Tổng hội Y học Việt Nam và TS. Nguyễn Quốc Triệu, Bộ trưởng Bộ Y tế trong buổi giao ban ngày 18/11/2008 giữa lãnh đạo Bộ và Thường vụ BCH Tổng hội. Ảnh: Anh Hoàng

Bộ trưởng Bộ Y tế nhận ra năng lực chuyên môn và khả năng quản lý của ông, khi ông đề xuất chương trình hành động 10 điểm đưa Bệnh viện Việt Xô lên thành bệnh viện chính phủ, nên đã giới thiệu Ban Bí thư giao nhiệm vụ Thứ trưởng cho ông vào đầu năm 1984. Theo gương Bộ trưởng Phạm Ngọc Thạch hoạt động chính trị xã hội về y học y tế rất xuất sắc, nhưng vẫn dành thời gian tham gia tự chiếu, chụp Xquang phổi cho bệnh nhân. Là Thứ trưởng bận nhiều công việc, GS. Phạm Song vẫn kiêm Chủ nhiệm Bộ môn truyền nhiễm và đảm bảo trên 170 tiết giảng dạy mỗi năm tại Trường đại học Y Hà Nội. Khi thành lập Viện y học lâm sàng các bệnh nhiệt đới ông vẫn làm Viện trưởng. Hai chức vụ này với chức danh Bộ trưởng Bộ Y tế sau này đã giúp ông thực tế để quyết định đưa artemisinin làm thuốc hàng đầu điều trị sốt rét do Plasmodium Falciparum kháng thuốc.

Từ một bác sĩ chuyên khoa tim mạch trở thành một thầy thuốc giỏi - một giáo sư có những đóng góp quan trọng trong chuyên ngành truyền nhiễm, GS. Phạm Song luôn nhớ đến công lao đào tạo và bồi dưỡng của Bộ trưởng Y tế Phạm Ngọc Thạch. Ông kể: "Năm 1958 Bộ trưởng gọi ông lên gặp vào lúc 3 giờ chiều tại trụ sở Bộ Y tế ở Phan Huy Chú, cùng gặp mặt hồi đó có Vụ trưởng tổ chức Nguyễn Đức Thắng và Vụ trưởng Vụ chữa bệnh Nguyễn Văn Tín. Thấy mặt, Bộ trưởng nói ngay: "Trẻ quá có làm được việc không?". Hai vụ trưởng thưa: "Chúng tôi đã suy nghĩ và chọn cho anh người xuất sắc, kể cả chuyên môn và kinh nghiệm quản lý". Bộ trưởng nói luôn: "Thế thì được, bệnh nhiễm trùng hiện nay là bệnh hàng đầu của nước ta. Tôi cần 1 cán bộ trẻ sang làm ngành này đáp ứng trước mắt và lâu dài. Anh nghĩ sao?". Tôi nói tôi không chuẩn bị làm truyền nhiễm, nên khi đi học không học nhiều về vi khuẩn học và virut học. Bộ trưởng bảo: "Chưa học thì tôi cho anh đi học và làm khoa học là một trong những công việc tốt nhất mà Đảng giao". Thế là sau đó 1 tháng ông chuyển sang khoa truyền nhiễm kiêm phụ trách công tác y vụ của Bệnh viện. Năm 1960 Bộ trưởng cho ông đi học ở Rumanie với 1 năm rưỡi để học virut học tại Viện quốc gia virut học và 6 tháng học về vi khuẩn tại viện Cantacusino nổi tiếng thế giới. Sau này ông lại được tu nghiệp ở Hà Lan về nhiễm trùng gan, tổ chức học về gan, rồi miễn dịch học 4 tháng tại Lausane Thụy Sĩ.

Điều mà ông tâm đắc nhất trong hoạt động khoa học y tế là quyết tâm đưa Artemisin vào điều trị sốt rét do Plasmodium Falciparum kháng thuốc. Ông đã cùng chuyên gia Viện Sốt rét đếm ký sinh trùng sốt rét P.F trên bệnh nhân sốt rét ác tính tại Viện y học lâm sàng nhiệt đới dưới tác dụng của artemisinin viên và nhận thấy ký sinh trùng thanh thải rất nhanh trên hai bệnh nhân. Ông đã báo cáo với Tổng bí thư Đỗ Mười và Thủ tướng Võ Văn Kiệt. Đảng và Chính phủ đã phát động phong trào di thực thanh hao hoa vàng từ Lạng Sơn về Hà Nam Ninh, Bình Lục và vườn thuốc Văn Điển. Chỉ sau 2 năm từ chỉ có 36kg artemisinin bột chúng ta đã có 3 tấn artemisinin bột cùng các dẫn xuất với nhiều dạng bào chế như tiêm tĩnh mạch, viên đặt hậu môn đủ dùng trong nước. Có thuốc artemisin cùng với việc tẩm màn permethrin chống muỗi đã khống chế được sốt rét, không có dịch lớn xẩy ra và rất hiếm khi có tử vong do sốt rét ác tính do Plasmodium Falciparum. Bộ Y tế đã hướng dẫn kỷ thuật sử dụng artemisinin và các dẫn xuất sản xuất trong nước để điều trị vào năm 1990 và sau đó 9 năm Tổ chức Y tế Thế giới đã công nhận chọn artemisinin là thuốc hàng đầu để điều trị sốt rét do Plasmodium falciparum. Sách "Khoa học công nghệ mới và phát triển con người trên thế giới" do UNDP xuất bản năm 2001 đã biểu dương "Việt Nam biết kết hợp kinh nghiệm truyền thống và hiện đại góp phần quan trọng giảm hẳn tỷ lệ tử vong sốt rét ác tính."

Việt Nam hiện là nước xuất khẩu artemisinin về dẫn xuất và cả nguyên liệu sang các nước châu Phi và châu Âu. Công trình có rất nhiều đơn vị khoa học và hàng chục bác sĩ tham gia đã được giải thưởng khoa học công nghệ Hồ Chí Minh 2000.

GS.VS. Phạm Song còn là đồng chủ biên với PGS.TS. Nguyễn Hữu Quỳnh chuyên gia về ngôn ngữ học, với sự cộng tác của 120 Giáo sư, Tiến sĩ y học nhiều thế hệ để biên soạn 4 cuốn Bách khoa thư bệnh học, được khởi công từ năm 1990 và hoàn thành 2004 và đã tái bản đến lần thứ ba.

Ông rất tâm đắc với cuốn HIV/AIDS, do Nhà xuất bản y học xuất bản năm 1993 lần đầu tiên đề cập toàn diện về chủ đề này; tái bản 2006 khá cập nhật và hiện đại. Bao nhiêu điều học được ở Hà Lan và kinh nghiệm thực hành của ông được thể hiện trong cuốn Những vấn đề cơ bản và mới về bệnh viêm gan virut. Ông cũng viết cuốn Lâm sàng và điều trị sốt rét, xuất bản 1994 nêu rõ sốt rét ác tính chủ yếu là do tắc mạch não còn các phản ứng khác là thứ phát và đề cao việc dùng artemisinin và thuốc chống huyết khối. Trong chỉ đạo phòng chống sốt xuất huyết, ông chủ trương dập dịch phải bắt đầu khi có những ca sốt Dengue cổ điển... Tất cả những suy nghĩ chiến lược và chính sách về y tế, nước sạch vệ sinh môi trường, dân số và sức khỏe sinh sản đã được ghi lại trong cuốn sách "Những vấn đề cơ bản về y tế, kế hoạch hóa gia đình, vệ sinh môi trường 1980-2000" mà ông là tác giả đã xuất bản năm 2001.

Ông đã cùng các Viện trưởng đầu ngành và các cán bộ vụ, cục Bộ Y tế soạn thảo Luật Bảo vệ sức khỏe nhân dân, đã được Quốc hội khóa XIII, phê duyệt ngày 30/6/1989 và soạn thảo chiến lược bảo vệ sức khỏe nhân dân 1990-2000 dưới dạng chương trình mục tiêu quốc gia cấp nhà nước và cấp Bộ, là dấu son về đổi mới phương thức hành động theo khoa học y tế công cộng của nước ta.

GS.VS. Phạm Song còn vinh dự được giao chủ nhiệm chương trình khoa học nhà nước về chống nhiễm khuẩn 1990-2000 mã số KYO1.

Ông đã đề nghị thành lập Ủy ban quốc gia phòng chống HIV/AIDS khi chưa có ca HIV(+) nào ở Việt Nam và từ 1990 đã có chương trình trung hạn giảm thiểu tác hại lây nhiễm HIV do Tổ chức Y tế Thế giới hỗ trợ xây dựng.

Do những đóng góp của ông trong sự nghiệp bảo vệ sức khỏe nhân dân ông đã nhận được Huân chương Độc lập Hạng hai, Huân chương Kháng chiến chống Mỹ Hạng nhất, Thầy thuốc Nhân dân đợt đầu tiên. Trong khoa học ông đã được công nhận chức danh giáo sư 1991, Viện sĩ y học Liên bang Nga về hệ thống và biện chứng năm 2000 và Viện Tiểu sử Hoa Kỳ tặng danh hiệu Nhà khoa học tiêu biểu 2006 do cống hiến trọn đời cho y học.

GS. Phạm Song đã nghỉ hưu từ tháng 7/2000, nhưng ông đã đảm nhận Chủ tịch Hội kế hoạch hóa gia đình khóa 2, tham gia 2 khóa Thường vụ Hội kế hoạch hóa gia đình khu vực châu Á Thái Bình Dương. Năm 2006, tại Đại hội Tổng hội Y học Việt Nam, ông được bầu là Chủ tịch Tổng hội. Ông vẫn làm việc cần mẫn đúng giờ, ngày 6 tiếng trên máy tính, tự mình viết tham luận, hay báo cáo như từ trước đến nay. Hiện nay, giáo sư cùng các đồng nghiệp đang chỉ đạo biên soạn Từ điển Bách khoa y học, xây dựng báo điện tử về đái tháo đường và vận động xây dựng Chiến lược toàn diện về phòng chống viêm gan virut B, C và đái tháo đường. Ngoài ra, ông còn dự định cho nhiều công việc nghiên cứu khoa học và viết sách về y học... Ông nghĩ, nếu làm được thêm như vậy là đã đền đáp một phần công ơn của Đảng, Nhà nước, nhân dân đã đào tạo ông trở thành người hữu dụng cho đất nước.

TS. Chu Thái Thành (Tạp chí Cộng sản)